Святой благоверный князь Даниил Московский, младший сын благоверного князя Александра Невского, скончался в 1303 году. Перед кончиной, следуя благочестивому примеру отца, принял иноческий чин и схиму и по глубокому смирению завещал совершить погребение на братском кладбище основанной им обители в честь преподобного Даниила Столпника, впоследствии получившей название Московского Данилова монастыря.

Честные мощи святого князя Даниила находились под спудом почти 350 лет. В течение этого времени благоверный князь неоднократно напоминал о себе и о месте своего погребения.

Так, во время великого князя Иоанна III, святой Даниил явился придворному юноше и повелел сказать великому князю следующее: «Се убо сам всячески себе утешаеши, мене же почто забвению предал еси, но обаче аще он забвенна мя имать, Бог же мой несть мене забыл никогдаже». Узнав об этом, великий князь Иоанн повелел служить соборные панихиды, раздавать милостыню и устраивать трапезы на помин своих усопших.

При сыне Иоанна III великом князе Московском Василии Иоанновиче произошло событие, описанное в «Степной книге». Однажды великий князь с многочисленной свитой, в которой находился князь Иоанн Михайлович Шуйский, был в Даниловом монастыре и проезжал недалеко от места захоронения благоверного князя Даниила Московского. Шуйскому нужно было сесть на коня, и он решил сделать это с надгробного камня на могиле святого Даниила. Оказавшийся поблизости некий благочестивый христианин сказал Шуйскому: «Господине княже! Не дерзай с камни сего снести на конь свой. Ведый буди, яко лежит ту великий князь Даниил». Гордый же князь не послушал совета и, встав на камень, собрался было сесть на коня. Неожиданно конь вздыбился и упал мертвым на землю, подмяв седока, едва оставшегося живым.
В царствование Иоанна Васильевича Грозного на могиле князя Даниила получил исцеление умирающий сын коломенского купца. Иоанн Грозный установил ежегодно совершать крестный ход к могиле благоверного князя и служить о нем панихиды. Он же издал Указ о построении в запустевшем к тому времени монастыре двухэтажной каменной церкви, братских келий, пополнении обители иноками и устройстве монашеского общежития.

В 1652 году царь Алексей Михайлович, по повелению явившегося ему благоверного князя Даниила, совершил торжественное открытие мощей святого. 30 августа Патриарх Никон с собором епископов и царь Алексей Михайлович с придворными открыли могилу благоверного князя и обрели честные мощи нетленными. Во время обретения мощей среди собравшегося там многочисленного народа произошло немало чудесных исцелений.
Святые мощи были торжественно перенесены в монастырский храм в честь святых отцов Семи Вселенских Соборов и положены в специально приготовленной деревянной гробнице напротив правого клироса. Тогда же благоверный князь Даниил Московский был причислен к лику святых.